A border collie alapvetően egészséges fajtának számít, de gyakori a csípő, könyök, válldiszplázia, az idegrendszeri, és immunrendszeri betegségek, valamint a szem is érzékeny részük. Annak érdekében, hogy elkerüljük az ilyen betegségeket, csak megbízható tenyésztőtől vásároljunk kutyát. Fontos, hogy a szülők fajtabetegségekre szűrve legyenek, így ki tudjuk zárni azokat a betegségeket, melyek fokozottan veszélyesek lehetnek kutyánkra.
A border collie fajtára jellemző betegségek:
ED könyökizületi diszplázia
HD csípőizületi diszplázia
CAT/KAT szürkehályog
Glaucoma zöldhályog
CEA collie szembetegség
CH szembetegség
MPP szembetegség
OCD szembetegség
PHPV szembetegség
PHTVL szembetegség
PRA szembetegség
RD/OSD szembetegség
CL/NCL idegi rendellenesség
TNS halált okozó immun-rendellenesség